UNIX には patch ファイルと言う物があります。
（ソースコードで公開しているので当然ですね）
パッチファイルを作るには diff と言うコマンドで作ります。
diff -c old_file new_file > patch_file
もしくは
diff -u old_file new_file > patch_file
もくしくは
diff -crN old_dir new_dir > patch_file
パッチを当てるには
patch -p0 -d ./patch_dir < patch_file